U osudi proglašenja nezavisnosti Kosova, asocijacija nevladinih organizacija iz RS-a SPONA bila je vrlo glasna, dok je istovremeno osudila proteste ratnih vojnih invalida za poboljšanje njihovog statusa. Zbog toga su sve prisutniji stavovi da jedan broj nevladinih organizacija uopšte ne štiti prava onih koje deklarativno zastupa. Predsjednik Saveza organizacija i udruženja ratnih vojnih invalida RS-a Goran Kostić:
„SPONA se faktički stavila na stranu Vlade RS-a i ja odgovorno tvrdim da to nije više nevladina organizacija, da je to više vladina organizacija. I mislim da je to samo produžena ruka vlasti RS-a da lakše manipulišu ovom populacijom koju oni, navodno, predstavljaju.“
Vladajućim strukturama u BiH ne odgovara samostalan nevladin sektor, već nastoje određene organizacije staviti pod svoju kontrolu, kaže direktor Centra za humanu politiku Momir Dejanović i dodaje da je takav slučaj sa SPONOM i onim organizacijama koje se finansiraju iz budžeta:
„Moj je utisak da oni često zapostavljaju interes onih čije bi interese trebalo da zastupaju. I često su, možda, instrument vlasti koja ih koristi da kažu ono što neko iz vlasti ne smije reći ili što vlastima u određenim trenucima odgovara.“
Predsjednik SPONE Branislav Dukić ne vidi ništa loše u tome da nevladine organizacije zastupaju interes vlasti:
„Sve ono što treba da se ostvari, znači da bi se izvršila i pomoć, sve ono što treba da se radi, naravno da mora ići uz pomoć, onu koja je nama potrebna, vlade i ostalih. Ja ne vidim šta je tu negativno.“
Na pitanje ima li mjesta optužbama da se SPONA suviše miješa u dnevnu politiku, kao što su npr. protesti protiv proglašenja nezavisnosti Kosova, Dukić kaže:
„Čekajte, šta smo mi? Jesmo li mi građani RS-a ili su samo vlasti RS-a te koji treba da misle? Valjda smo mi građani koji biramo te koji će voditi vlast RS-a i naravno da mi moramo biti u žiži svega toga, pa i u pitanju Kosova, međunarodnog prava. Prije svega, mi smo građani RS-a i ne možemo to posmatrati nijemo i kazati treba da vlada radi to. Šta vlada može da radi?“
Dukić ističe da je SPONA razgovarala sa svim vladama, bez obzira koja je politička opcija bila na vlasti.
Nevladin sektor u BiH nipošto nije imun na uticaj vlasti, kaže predsjednik Fondacije "Istina, pravda, pomirenje" Sinan Alić, navodeći kao najočitije primjere entitetske sindikate:
„Svi sviraju na zurlu koju kupi Branković ili Milorad Dodik. Dakle, one su produžena ruka nekakvih nacionalnih matrica iz ’92. Vrlo je mali broj i u RS-u i u Federaciji klasičnih nevladinih organizacija koje principijelno štite programe svoje. Ali realno, nije ni očekivati da se u ovakvoj državi, koja je isparcelisana gdje god se moglo isparcelisati, nevladine organizacije sad ponašaju sasvim drugačije.“
Nevladine organizacije su vrlo često produžena ruka vlasti ili su indirektno formirane od strane vladinih institucija ili političkih partija, kaže izvršni direktor Helsinškog odbora za ljudska prava RS-a Branko Todorović i pojašnjava neke od njihovih ciljeva:
„Da pokušaju iznijeti vladine stavove kao neku vrstu probnog balona da bi se propratila reakcija društva u cjelini ili međunarodne zajednice.“
Stavovi ovih nevladinih organizacija često se prezentiraju kao tobožnji izraz želja građana. Todorović zbog toga napominje da je problem u tome što se te organizacije često finansiraju iz budžeta, odnosno novcem poreskih obveznika, koji takve stavove uglavnom ne podržavaju.