Posada aviona koji je 3. maja leteo ka aerodromu u Prištini oglasila se takozvanim Mayday pozivom, obaveštenjem koje u međunarodnom avio saobraćaju označava opasnost, i zbog kvara letelice zatražila da im se hitno odobri prelet preko vazdušnog prostora Srbije radi bezbednog sletanja u Sofiju. Prema informacijama iz UNMIK-a, Kontrola letenja u Beogradu odbila je ovaj zahtev. Vazduhoplov o kom nisu saopšteni detalji, odakle je dolazio i koji tip leta je u pitanju, imao je probleme sa stajnim trapom i trebala mu je duža pista od one u Prištini za prizemljenje.
Zbog odbijanja Beograda da dozvoli prelet u toj kritičnoj situaciji, UNMIK je protestovao kod srpskih vlasti i šef međunarodne misije na Kosovu Joakim Riker u pismu premijeru Vojislavu Koštunici upozorio je da su odlukom beogradske Kontrole leta bili ugroženi životi ljudi i zatražio da Srbija reaguje i pomogne u budućim sličnim situacijama. Civilne vazduhoplovne vlasti u Beogradu nisu želele da komentarišu obraćanje UNMIK-a, ali nam je rečeno da je činjenica da je Srbija u maju '99. godine obustavila sve civilne letove za Prištinu i prelete ka Kosovu, kao i iz pokrajine preko centralnog dela države.
Goran Cvijović, direktor Vazduhoplovne akademije Beograd, izjavio je za naš program da je akcenat vazdušnog saobraćaja na bezbednosti, i da bi svakako trebalo pronaći načine da se izbegnu situacije slične ovoj zbog koje je protestovao UNMIK:
"Ukoliko postoje proceduralne primedbe o opremljenosti prištinskog aerodroma, obučenosti osoblja i procedura koje se dole sprovode, a koje nisu u skladu sa procedurama koje propisuje Direktorat civilnog vazduhoplovstva Srbije, onda je ta odluka razumljiva. Ali, ukoliko ne postoje takve prepreke za letove iz Prištine, onda je zaista nerazumljivo zbog čega nije dozvoljen prelet tom avionu."
Vazdušni prostor iznad Kosova još od potpisivanja Kumanovskog sporazuma kontroliše UNMIK, a vlasti Srbije smatraju da prištinski aerodrom Slatina i tamošnja kontrola leta ne zadovoljavaju ni minimalne bezbednosne uslove zbog čega je, što se tiče Beograda, Priština jednostavno izbrisana sa avio mape. Iako preko Srbije već devet godina nije moguća vazduhoplovna komunikacija sa Kosovom, Katarina Andrić Milosavljević, iz Direktorata civilnog vazduhoplovstva, rekla je za naš program da bi takvo stanje moglo da potraje:
"Dakle, nema tehničkih mogućnosti da se obavljaju letovi. Srbija ne može da garantuje za letove i prelete preko Srbije za Kosovo i Metohiju zato što nemamo uvid u tamošnju situaciju."
Krajem oktobra 2007. posada aviona kojim je iz Prištine putovao slovenački diplomata Dimitrij Rupel nije dobila dozvolu Beograda da za Ljubljanu leti preko Srbije, a obrazloženje je glasilo da nadležnima najverovatnije na vreme nije upućen ispravan zahtev za prelet. Stroga procedura za diplomatske letove ipak nije najveći problem, već su to slučajevi kriznih situacija i kvarova aviona. Goran Cvijović, iz Vazduhoplovne akademije, kaže da bi zato u svakom slučaju obe strane strane trebalo da pokažu inicijativu:
"Kada je u pitanju bezbednost vazduhoplovstva, bezbednost letenja, politika ne može imati primat u celoj toj priči. Postoje vrlo jasno definisani međunarodni standardi i procedure za letačko osoblje. Ako neke kompanije, aerodromi ili države poštuju te procedure, onda politika ne bi smela da ugrožava bezbednost i ljudske živote ili da dovede u pitanje funkcionisanje vazdušnog saobraćaja."
Goran Cvijović zaključuje da bi formiranje koordinacionog tima možda moglo da reši stvar:
"Uspostaviti veze sa vazduhoplovnim vlastima koje su trenutno nadležne na Kosovu i Metohiji, u Prištini, da se pronađu modaliteti kako u takvim situacijama definisati procedure za prelet aviona ili prinudna sletanja kako bi se zaštitili ljudski životi i sprečile vazdušne nesreće."
Naredbu o konačnom zatvaranju letova sa Kosovom Srbija je objavila 20. maja 2005. u Internacionalnom vazduhoplovnom zborniku i o njoj su obavešteni svi međunarodni činioci.